VC#を書くのに,VSではなくVimとコマンドプロンプトを使う人なので,
VSのこの設定を変えればいいよ!ってドコにあるんだろう?をしていました.
コマンドプロンプトから
>C:\Windows\Microsoft.NET\Framework\vx.x.xxxxx\csc.exe source.cs
を叩くとデフォルトではコンソールアプリケーションになるため,
.exeを実行した時にコマンドプロンプトが表示されてしまって正直うっとうしい.
/target:winexeオプションを追加してコンパイルすることでこの問題を解決できるらしい.
ちょっとモヤモヤが解決したのでした.